到了挪亞的時代，人在地上的罪惡很大，令神心中憂傷，後悔造人(創六5)，甚至想把祂所造的一切生物和世界都滅了(創六7、13)。這裡再次看見人與萬物的命運是息息相關的。然而，神因挪亞是個義人，所以與他立約(創六18)。挪亞照着神的指示，用了大概一百年來造了一艘方舟，也照祂的吩咐帶同妻子、三個兒子和三個兒媳，以及潔淨的生物各七對、不潔淨的生物各一對進入方舟，來保存生命。(這時已有潔淨與不潔淨生物的分別。)

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由此看來，神要用方舟來拯救的不僅是人，而是祂所造的各種動物。神的拯救計劃，並非拯救祂所喜悅的人去到其他星球，也不是單單保留了幾個人來繼續繁衍後代，然後再創造另一個世界和再創造動植物。神沒有毀滅地球，也沒有讓動物和植物滅種，因這一切都是祂所造和祂所愛的。其後挪亞出方舟後，是繼續在原本的世界中生活；那被浸的土地和植物似乎也沒有受嚴重傷害，地和水可以再次分成陸地和河流、大海，植物的種子可以再次生長出來，繼續有魚類(魚沒有進方舟)，方舟出來的動物也再次繁衍，回復原來的生態秩序。