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不過，單有城牆、城門不能保住城，重要的是城內要有眾多人口和興盛的發展。但那時城內的居民不多，還有許多空間可以用來建造房屋和其他發展，所以尼希米從神那裏領受到的下一步計劃，便是要強化城中人口，並把耶路撒冷發展成一個具規模的省城。
為了掌握當時的人口情況，尼希米便按着所羅巴伯和耶書亞帶領第一批被擄猶大人歸回時所登記的家譜資料(參拉二1-67)，來進行一次人口調查。
這裏所列的人口結構，是依據以斯拉記的資料來點算，包括平民家族、祭司、利未人、殿役等；這裏的人數與以斯拉的資料有所出入，這是不難解釋的：首先，以斯拉登記的資料與真正歸回者或許已略有增減；其次，尼希米的版本大抵是他當時的人數，這與第一次回歸已相隔九十多年，人口變遷在所難免。
掌握了人口資料後，尼希米便要安排有哪些家族或團體要住在城內，但未及編配此事，便到了以色列人一年中最重要的七月(尼八1)。
城牆是在以祿月修建完成的，以祿月後便是提斯利月，它正是猶太宗教曆中最重要的七月；猶太人的吹角日、贖罪日和住棚節都是在七月進行的(參利二十三23-43；民二十九1-39)。
七月初一日，以色列人都知道這是耶和華所定的吹角日(後來這日成了猶太人的新年)，要歇下一切工作去守聖會和獻火祭，於是便主動來到耶路撒冷的水門前廣場聚集。在場的除了有省長尼希米(尼八9)，那位在十三年前按亞達薛西王的諭旨來到耶路撒冷的祭司及經學家以斯拉(拉七11-26)，這天也再次來到，向眾民宣讀神的律法書。
過了吹角日，七月初十是贖罪日，眾民同樣要歇下一切的工，守聖會(參利二十三26-32)。由七月十五日起便是一連七天的住棚節，眾民便按照律法書所教導的上山取樹枝去支搭帳棚(參利二十三39-43)。
住棚節後的第八日照例有嚴肅會(尼八18)，隔了一日，即二十四日，節期應該完了，但眾民卻似乎是自發地舉行了一次認罪和立約聚會，大家都禁食、身穿麻衣、頭蒙灰塵。
有八個利未人分別帶領眾民認罪、稱頌神，並在生活上切實履行神的吩咐，包括不與外族人通婚，不在安息日和聖日買東西，每逢安息年不耕作和豁免債項，並且按律法規定供給祭司和利未人(尼十28-39)。這約以文件形式寫好，由包括省長尼希米、祭司、利未人和民間的眾首領蓋印(尼十1-23)。
當這一切完成了，尼希米便回到先前開始那件配編人口住在耶路撒冷城內的事上(尼十一章，參尼七章)。
由於民眾的領袖和貴族都已住在城中(參尼二16，五17)，欠缺的是平民，尼希米便用抽籤方式，把十分一的平民家庭遷進城中，其餘的便住在省內其他城鎮。
百姓似乎不太願意住在耶路撒冷城內，也許是因為城遭戰火破壞嚴重，仍要多番努力才能修復安居，又或這裏是省府，生活水平比較高，物價較貴。名單列出的城內人口包括有猶大支派和便雅憫支派的家庭、祭司、利未人等，男丁的數目約三千餘，由此推算城內住了幾萬人。
第十二章詳列了跟隨所羅巴伯第一次歸回耶路撒冷的祭司與利未人名單，以及他們後來作族長的後裔名單，直至「省長尼希米和祭司兼經學家以斯拉的日子任職」(尼十二26)。
尼希米不厭其詳地把這份名冊記錄下來，顯示他知道猶大民族的建立和復興根本是繫於整體猶大人民對神的敬拜，而神一早已設立了祭司和利未人去領導和幫助人民去敬拜祂。
當安頓了人口，便是城牆奉獻禮的日子(尼十二27-43)。
那日，祭司和利未人先潔淨自己和眾民，再潔淨城門和城牆。祭司和利未人在行列中間奏樂和唱歌頌讚，帶領民眾繞行城牆一周。經學家以斯拉和省長尼希米也參與其中。
最後在聖殿門前聚集，祭司團繼續吹號筒，歌唱者繼續歌唱，眾民獻上極大的祭祀，大家都極之快樂。
十三章1節的「那時」，
有的學者認為就是城牆奉獻禮那日，
但有些卻認為不太似是那日，
推想可能是尼希米處理十三章4至28節
那連串事件的那段時期。
總之，因眾民聽到摩西的書，他們就跟一切閒雜人分離(尼十三1-3)。
我們不太清楚這裏的意思是不准外族人進入聖殿範圍，抑或是不與外族人有親密交往。不過，它卻顯示了回歸的猶大人仍未弄清楚他們該如何與外族人交往。
按照律法的教導，被外族人同化──特別是宗教信仰上的同化──一定是不對的；但反之，讓外族人被猶大人的信仰和神本身的美善所吸引，使他們信從神，卻是神要藉着他們去祝福萬族的心意。
如果第十二章是本書的高潮，
那麼，
第十三章便是一個「反高潮」，記錄了一些惡事。
十三章4節之後所記的事，可能是在尼希米於亞達薛西王三十二年，即他作猶大省長滿了十二年的那年，曾經離開耶路撒冷，回到王那裏去；但過了一段時期，他再向王告假，重回耶路撒冷。這次回去，他卻發現了幾件惡事。
第一件，是受委派去管理聖殿庫房的祭司以利亞實，竟然在庫房裏騰出幾個房間(參尼十三9)，供一個外族人多比雅使用。
祭司以利亞實被收賣，公器私用，濫用了聖殿的庫房，這無疑是褻瀆了聖殿和祭司職份。尼希米對此極之憤怒，他把多比雅的傢俱從房間裏拋出去，潔淨之後再把該放的物品放回去。
第二件惡事(尼十三10-14)，是利未人應得的份竟無人供給，連供職的利未人和歌唱者都離開崗位，回去耕作。
尼希米不是早已定下奉獻規則，去供給祭司和利未人等在聖殿供職的人嗎(參尼十34-39，十二44)？於是，尼希米便再次要求猶大人把五穀、新酒和新油的十分一奉到庫房，再委派另外幾個忠實可靠的人去負責管理。
第三件惡事，是有猶大人不守安息日和任由人經商賣買(尼十三16-18)。
尼希米不是早前已經同猶大人一起立約，表明會謹守安息日嗎(尼十31)？尼希米為此責備猶大的貴族其身不正，再命人在安息日前把城門關閉，不准商人挑擔子進城販賣貨物，務求使安息日分別為聖。
第四件惡事，是尼希米發現有些猶大人娶了外族女子為妻，而且，令他更惱怒的是，他們的兒女都說外族話，不會說猶大話，這暗示他們都被外族同化了，難以認識以色列人的宗教信仰和神的律法！
尼希米早前的立約也包含這事(尼十30)，但猶大人卻依然再犯，罪魁禍首，也許正是大祭司以利亞實的曾孫也娶了外族女子！上樑不正下樑歪，影響了百姓也不再認真地履行所立的約。所以，尼希米把大祭司的曾孫驅逐離開，求神記住他們玷污了祭司的職分，再重新指派祭司和利未人的職責。
